Минералогическая коллекция музея-заповедника немногочисленна, но уникальна и разнообразна, представлена минералами и горными пародами, добываемыми во многих месторождениях нашей страны.

Более 200 образцов среди которых осадочные породы Изборско-Мальской долины, полезные ископаемые, самоцветы, ракушки моллюсков, окаменелости, аммониты, белемниты, ракушечник.

География очень обширна. Она включает в себя многочисленные поделочные камни - яшма, амазонит, кианит, эгирин, агат и родонит, найденные на Кольском полуострове и в Карелии. Формы вулканических образований такие как туф, пемза, сера, добытые после извержения вулканов на Камчатке и Курильской гряде. Есть в коллекции и редкие минералы – магнетит, берилл, циркон, горный хрусталь и аметист, найденные в отложениях в разных уголках нашей страны.